Der GastroCH4eck ermittelt neben H2 Wasserstoff auch CH4 Methan in der Ausatemluft. Dadurch können so genannte Non-H2-Producer identifiziert werden. Beim Lactoseintoleranztest kann es bei einer geringen Anzahl von Patienten zu falsch negativen Testergebnissen kommen. Dies deshalb, da bei ihnen durch H2 konsumierende Bakterien kein Wasserstoff jedoch CH4 Methan abgeatmet wird.